Zčásti záhadný, zčásti příběh o dospívání, Moon Over Manifest sleduje dvanáctiletou Abilene Tuckerovou, jak se snaží pochopit minulost svého otce a svou vlastní přítomnost. Abilene, která zůstala v Manifestu v Kansasu s pastorem Shady Howardem, se cítí opuštěná svým otcem.
Dům majitel Arthur Devlin vytváří konflikt pro mnoho obyvatel města Manifest, včetně Ned Gillen. Devlin těm mužům pracuje příliš tvrdě, špatně jim vyplácí a živé etnické předsudky. Zanechává horníky zoufalé a zoufalé.
Gideon je v konfliktu sebou, když se obviňuje za smrt těch, které miluje. Věří, že je "jinx" a pochybuje o jeho hodnotě svým přátelům a dceřům.
Španělská chřipka, která zasáhla Manifest v roce 1918, je konflikt způsobený přírodou. Lidé dělají vše pro to, aby bojovali proti nemoci, ale Manifest ztrácí mnoho svých obyvatel této smrtelné nemoci.
Mnoho přistěhovalců v projevech se cítí omezeno předsudky společnosti. Slečna Sadie se cítí váhu předsudků. Vzhledem k tomu, že nechce přivádět svého syna jako ubohé maďarské přistěhovalce, nechá ho být vychováván cizincem, který se bohužel dívá z dálky. Místní obyvatelé šíří zvěsti o ní a nechávají ji žít izolovaně.