Osittain mysteeri, osittain ikääntymisen tarina, Moon Over Manifest seuraa 12-vuotiasta Abilene Tuckeria hänen yrittäessään saada järkeä isänsä menneisyydestä ja omasta nykyisyydestään. Abilene jää jäämään Manifestiin Kansasiin pastori Shady Howardin kanssa. Hän tuntee olevansa isänsä hylkäämä.