פרחים לאלג'רנון הוא סיפור נוגע ללב על אדם בשם צ'רלי, שנבחר לניסוי המציע לו את ההזדמנות להפוך ל"חכם", המשאלה העמוקה ביותר שלו בחיים. הרומן מעלה מספר נושאים ושאלות חשובות, כולל האתיקה של ניסויים אנושיים, התעללות בבעלי מוגבלויות שכלית בחברה, והקשר בין אינטלקט ואינטראקציות אנושיות.
אלג'רנון מייצג את המודיעין שצ'ארלי הוא חתירה, יחד עם הפסד של אותה תקווה כשהוא נסוג. צ'רלי מרגיש לכוד כמו אלגרנון כי אף אחד מהם נתפסים כיחידים, רק חלק מן הניסוי.
צ'רלי האחר מייצג היסוס של ניו צ'רלי ופחד קשרים רגשיים. הוא מייצג ניסיונות של ניו צ'רלי ליישב המודיעין החדש שלו ועליונות בתמימות והענווה לשעבר שלו.
כתמי דיו (רורשאך)
פרחים
כתמי דיו לייצג הכישלון הראשון עבור צ'רלי, ומאוחר יותר במובן הראשון שלו של מודעות עצמית פנימית. הוא מתחיל לתהות איך מישהו יכול היה להמציא שקרים למבחן. לקראת סוף הרומן, הוא מייצג השתתפות הסופית של צ'ארלי בניסוי, וסירובו להיות פרויקט מדעי יותר.
אלג'רנון
הפרחים מייצגים המשאלה של צ'ארלי בשבילו אלגרנון שתזכור, למרות הניסוי ייחשב כישלון, צ'ארלי אלג'רנון, זאת הייתה חוויה מיוחדת במינה אשר במוחו של צ'רלי עושה אותו להצלחה.