פרחים לאלג'רנון הוא סיפור נוגע ללב על אדם בשם צ'רלי, שנבחר לניסוי המציע לו את ההזדמנות להפוך ל"חכם", המשאלה העמוקה ביותר שלו בחיים. הרומן מעלה מספר נושאים ושאלות חשובות, כולל האתיקה של ניסויים אנושיים, התעללות בבעלי מוגבלויות שכלית בחברה, והקשר בין אינטלקט ואינטראקציות אנושיות.
היה משהו בך לפני: חמימות, ופתיחות, חסד שגרם לכולם כמוך. עַכשָׁיו...
MAN vs SELF
משיכת צ'רלי גורדון שוב, נכון, צ'רלי?
MAN vs SOCIETY
צ'רלי ואליס לריב אחד עם השני כשהוא סוף הסוף הופך כועס על השינוי בגישה של צ'ארלי. היא מספרת לו שהוא השתנה והוא איבד את האיכויות כי נהגה להכין אותו חביב. צ'רלי מגיב בכעס כי הוא מרגיש כמו שכולם מצפים ממנו להישאר באותה כדי שיוכלו להמשיך לטפל בו באכזריות.
צ'רלי הוא מרגיש כאילו הוא שמסתכל על ידי "צ'רלי", גרסה מנתקים אותו מעצמו. הוא אומר שאתה לא יכול לבנות בניין חדש מבלי להרוס את הישן, ואת הגרסה הישנה של צ'רלי קוטעת את המחשבות ומגיעה בין היחסים והחוויות הוא מנסה להבין.
העובדים במאפייה לטפל צ'רלי שונה לפני ואחרי הניתוח. לפני הניתוח, עובד ג'ו, פרנק, צולע להקניט צ'רלי באכזריות ותראו אותו כיעד הקונדס והבדיחות שלהם. לאחר עליות המודיעין של צ'ארלי, אולם, הם מתחילים לחשוש אותו כי הם לא מבינים את השינוי. הם מפסיקים לדבר אליו ולהיות עוינים כלפיו בצורה גלויה.