Cvijeće za Algernona je dirljiva priča o čovjeku po imenu Charlie, odabranom za eksperiment koji mu nudi priliku da postane "pametan", što je njegova najdublja želja u životu. Roman postavlja nekoliko važnih tema i pitanja, uključujući etiku eksperimentiranja s ljudima, loše postupanje s mentalno poremećenima u društvu i odnos između intelekta i ljudskih interakcija.
Charlie Gordon, 32 godina star i razvojno onesposobljen s IQ-om od 68 godina, izabran je za eksperimentalnu kirurgiju kako bi povećala njegovu inteligenciju. Postupak je već radio na mišu zvanom Algernon, a liječnici su optimistični da će i Charlie biti uspješan.
VRHUNAC
Kirurgija je uspjeh, a Charlie je inteligencija zvižduka. Međutim, smatra da njegova emocionalna inteligencija nije držala korak s njegovim mentalnim intelektom. On shvaća da su ga njegovi "prijatelji" u pekarnici i ostali tijekom svojega života liječili okrutno.
PADA DJELOVANJE
Charlie napušta svoj posao u pekari, jer su ga drugi sada čudno i strašno tretiraju. Oni ne razumiju promjenu koja se događa u Charlieju. Charlie uči toliko informacija da brzo nadilazi svoje liječnike. Razvija osjećaj afiniteta s Algernonom i osjeća se sve otuđenijima od ljudi s kojima ima interakciju, uključujući i Alice.
REZOLUCIJA
Charlie je odveden u znanstvenu konvenciju u Chicagu gdje se on i Algernon prikazuju. Charlie postaje sve uznemireniji jer prikazuju filmove i slike o njemu u ranijim intervjuima, za koje nije bio svjestan. Odlazi s Algernonom natrag u New York. Algernon se uskoro počinje regresirati, a Charlie shvaća da nema puno vremena.
Charlie i Algernon se vraćaju u laboratorij, gdje Charlie nastavlja svoje istraživanje tijekom cijelog dana. Završava svoj odnos s Fayom. Algernon umre, a Charlie odlazi posjetiti svoju majku i sestru. Nađe da mu je majka senilna, a njegova sestra Norma je njezin čuvar. On i Norma pomiruju, kao što Charlie zna da neće moći igrati ulogu "velikog brata" mnogo duže.
Charlie i Alice konačno konzumiraju svoj odnos prije Charliejeva pogoršanja regresije. Proveli su nekoliko tjedana zajedno prije nego Charliejeva raspoloženja napokon odvezu. Njegova koordinacija, pravopis i gramatika počinju se pogoršavati. Njegova posljednja želja dok završava posljednje izvješće o napretku prije odlaska na život u Warrenovom domu je da netko stavlja cvijeće na grob Algernona.