In parte mistero, in parte racconto di formazione, Moon Over Manifest segue la dodicenne Abilene Tucker mentre cerca di dare un senso al passato di suo padre e al suo stesso presente. Lasciata per rimanere a Manifest, Kansas con il pastore Shady Howard, Abilene si sente abbandonata dal padre.
Il proprietario della miniera, Arthur Devlin, crea un conflitto per molti degli abitanti del manifesto, tra cui Ned Gillen. Devlin lavora gli uomini troppo duro, li paga poco, e alimenta i pregiudizi etnici. Lascia i minatori scoraggiati e disperati.
Gideon è in conflitto con se stesso quando si incolpa per la morte di coloro che ama. Egli ritiene che egli è un "incantesimo" e dubita il suo valore ai suoi amici e la figlia.
L'influenza spagnola che colpisce manifesto nel 1918 è un conflitto causato dalla natura. Gli umani fanno del loro meglio per combattere la malattia, ma manifesto perde molti dei suoi abitanti di questa malattia mortale.
Molti degli immigrati in Manifest si sentono limitati dai pregiudizi della società. La signorina Sadie si sente il peso dei pregiudizi. Perché lei non vuole portare la vergogna e rifiuto per il suo figlio come un povero immigrante ungherese, che gli permette di essere sollevata da uno sconosciuto mentre guarda tristemente da lontano. La gente del posto diffondono voci su di lei e la lasciano vivere in isolamento.