Dels mysterium, dels blivande berättelse, Moon Over Manifest följer tolvåriga Abilene Tucker när hon försöker förstå sin fars förflutna och sin egen nutid. Lämnad för att stanna i Manifest, Kansas med pastor Shady Howard, känner sig Abilene övergiven av sin far.
Gruvan ägare, Arthur Devlin, skapar en konflikt för många av stadsborna i Manifest, inklusive Ned Gillen. Devlin arbetar män för hårt, betalar dem dåligt, och matar etniska fördomar. Han lämnar gruvarbetarna nedslagen och desperat.
Gideon är i konflikt med sig själv när han anklagar sig själv för att ha dödat dem han älskar. Han tror att han är en ”jinx” och tvivlar hans värde till sina vänner och dotter.
Den spanska influensa som träffar Manifest 1918 är en konflikt som orsakas av naturen. De människor gör sitt bästa för att bekämpa sjukdomen, men Uppenbart förlorar många av dess invånare att denna dödliga sjukdom.
Många av invandrarna i Manifest känner begränsas av samhällets fördomar. Fröken Sadie känns vikten av fördomar. Eftersom hon inte vill ta skam och avslag på sin son som en fattig ungersk invandrare, låter hon honom att höjas med en främling som hon klockor tyvärr avstånd. Lokalbefolkningen sprida rykten om henne och lämna henne att leva i isolering.