En partie mystère, en partie récit de passage à l'âge adulte, Moon Over Manifest suit Abilene Tucker, douze ans, alors qu'elle tente de donner un sens au passé de son père et à son propre présent. Laissée pour rester à Manifest, Kansas avec le pasteur Shady Howard, Abilene se sent abandonnée par son père.
Le propriétaire de la mine, Arthur Devlin, crée un conflit pour la plupart des habitants du Manifest, y compris Ned Gillen. Devlin travaille les hommes trop dur, les paie mal, et nourrit les préjugés ethniques. Il laisse les mineurs découragés et désespérés.
Gédéon est en conflit avec lui-même quand il se blâme pour la mort de ceux qu'il aime. Il croit qu'il est un «jinx» et doute de sa valeur à ses amis et sa fille.
La grippe espagnole qui touche Manifest en 1918 est un conflit causé par la nature. Les humains font de leur mieux pour lutter contre la maladie, mais Manifest perd beaucoup de ses résidents à cette maladie mortelle.
Beaucoup d'immigrants dans Manifest se sentent restreints par les préjugés de la société. Mlle Sadie ressent le poids des préjugés. Parce qu'elle ne veut pas amener la honte et le rejet sur son fils comme une pauvre immigrée hongroise, elle lui permet d'être élevé par un étranger alors qu'elle regarde tristement de loin. Les habitants répandent des rumeurs sur elle et la laissent vivre dans l'isolement.