Dijelom misterija, dijelom priča o odrastanju, Moon Over Manifest prati dvanaestogodišnju Abilene Tucker dok pokušava pronaći smisao u očevoj prošlosti i vlastitoj sadašnjosti. Ostavljena da ostane u Manifestu u Kansasu s pastorom Shadyjem Howardom, Abilene se osjeća napuštenom od oca.
Vlasnik mina, Arthur Devlin, stvara sukob za mnoge stanovnike manifestacije, uključujući Ned Gillen. Devlin radi previše ljudima, plaća ih loše i hrani etničke predrasude. Ostavlja rudare koji su se razočarali i očajni.
Gideon je u sukobu sa samim sobom kada se krivi za smrt onih koje voli. On smatra da je "jinx" i sumnja u njegovu vrijednost svojim prijateljima i kćeri.
Španjolska gripa koja pogoduje Muzej 1918. godine sukob je prirode. Ljudi rade najbolje u borbi protiv ove bolesti, ali Manifest gubi mnoge stanovnike ove smrtonosne bolesti.
Mnogi imigranti u Manifestama ograničeni su predrasudama društva. Gospođica Sadie osjeća težinu predrasuda. Budući da ne želi donijeti sramotu i odbijanje svog sina kao siromašnog mađarskog useljenika, dopušta mu da ga podigne stranac dok se nažalost gleda s daljine. Mještani su širili glasine o njoj i ostavili je da ostane izolirano.