Parte mistério, parte história de amadurecimento, Moon Over Manifest segue Abilene Tucker, de doze anos, enquanto ela tenta entender o passado de seu pai e seu próprio presente. Deixada para ficar em Manifest, Kansas com o pastor Shady Howard, Abilene se sente abandonada por seu pai.
O proprietário da mina, Arthur Devlin, cria um conflito para muitos dos habitantes da cidade de Manifesto, incluindo Ned Gillen. Devlin trabalha os homens muito duro, os paga mal e alimenta preconceitos étnicos. Ele deixa os mineiros desanimados e desesperados.
Gideon está em conflito consigo mesmo quando se culpa pela morte de quem ama. Ele acredita que ele é um "jinx" e duvida de seu valor para seus amigos e filha.
A gripe espanhola que atinge Manifesto em 1918 é um conflito causado pela natureza. Os seres humanos fazem o seu melhor para combater a doença, mas Manifesto perde muitos dos seus moradores a esta doença mortal.
Muitos dos imigrantes no Manifesto sentem-se restringidos pelos preconceitos da sociedade. Sadie sente o peso do preconceito. Porque ela não quer trazer vergonha e rejeição a seu filho como um pobre imigrante húngaro, ela permite que ele seja criado por um estranho enquanto vê tristemente a distância. Os locals espalharam boatos sobre ela e deixam-na viver no isolamento.