Flowers for Algernon er en rørende historie om en mand ved navn Charlie, udvalgt til et eksperiment, der giver ham muligheden for at blive "smart", hans dybeste ønske i livet. Romanen bringer flere vigtige temaer og spørgsmål op, herunder etikken i menneskelige eksperimenter, mishandlingen af psykisk handicappede i samfundet og forholdet mellem intellekt og menneskelig interaktion.
Algernon repræsenterer intelligens, som Charlie stræber efter, sammen med tabet af det håb, som han regredere. Charlie føler sig fanget ligesom Algernon fordi ingen af dem ses som individer, bare en del af forsøget.
The Other Charlie repræsenterer New Charlies tøven og frygt for følelsesmæssige vedhæftede filer. Han repræsenterer New Charlies forsøg på at forene sin nyfundne intelligens og overlegenhed med sin tidligere naivitet og ydmyghed.
INKBLOTS (RORSCHACH)
BLOMSTER
De inkblots først repræsentere fiasko for Charlie, og senere hans første følelse af indre selvbevidsthed. Han begynder at sætte spørgsmålstegn ved, hvorfor nogen ville gøre op løgne til en test. Mod slutningen af romanen, det repræsenterer Charlies sidste deltagelse i forsøget, og hans afvisning af at være et videnskabeligt projekt mere.
ALGERNON
Blomsterne repræsenterer Charlies ønske for ham og Algernon at blive husket, selvom forsøget vil blive anset for en fiasko, for Charlie og Algernon, det var en unik og speciel oplevelse, som i Charlies sind gør det til en succes.