Moon Over Manifest ist teils mysteriös, teils Coming-of-Age-Geschichte und folgt der zwölfjährigen Abilene Tucker, die versucht, die Vergangenheit ihres Vaters und ihre eigene Gegenwart zu verstehen. Abilene bleibt mit Pastor Shady Howard in Manifest, Kansas, zurück und fühlt sich von ihrem Vater verlassen.
Die Mine Besitzer, Arthur Devlin, schafft einen Konflikt für viele der Stadtbewohner von Manifest, einschließlich Ned Gillen. Devlin arbeitet die Männer zu hart, zahlt sie schlecht und füttert ethnische Vorurteile. Er lässt die Bergleute entmutigt und verzweifelt.
Gideon ist im Konflikt mit sich selbst, wenn er sich für den Tod derer, die er liebt, verantwortlich macht. Er glaubt, dass er ein "Jinx" ist und bezweifelt seinen Wert an seine Freunde und seine Tochter.
Die spanische Influenza, die auf Manifest 1918 trifft, ist ein Naturkonflikt. Die Menschen tun ihr Bestes, um die Krankheit zu bekämpfen, aber Manifest verliert viele seiner Bewohner an dieser tödlichen Krankheit.
Viele der Immigranten in Manifest fühlen sich durch die Vorurteile der Gesellschaft eingeschränkt. Miss Sadie fühlt das Gewicht des Vorurteils. Weil sie keine Schande und Ablehnung gegen ihren Sohn als armen ungarischen Einwanderer bringen will, erlaubt sie ihm, von einem Fremden erhoben zu werden, während sie traurig aus der Ferne guckt. Die Einheimischen verbreiten Gerüchte über sie und verlassen sie, um in Isolation zu leben.