Po części tajemnica, po części opowieść o dojrzewaniu, Moon Over Manifest śledzi dwunastoletnią Abilene Tucker, która próbuje zrozumieć przeszłość swojego ojca i własną teraźniejszość. Pozostawiona na pobyt w Manifest w Kansas z pastorem Shady Howardem, Abilene czuje się opuszczona przez ojca.