Po części tajemnica, po części opowieść o dojrzewaniu, Moon Over Manifest śledzi dwunastoletnią Abilene Tucker, która próbuje zrozumieć przeszłość swojego ojca i własną teraźniejszość. Pozostawiona na pobyt w Manifest w Kansas z pastorem Shady Howardem, Abilene czuje się opuszczona przez ojca.
Właściciel kopalni Arthur Devlin stwarza konflikt wielu mieszczan Manifest, w tym Ned Gillen. Devlin pracuje nad mężczyznami zbyt ciężko, płaci je słabo i karmi etniczne uprzedzenia. Pozostawia górników zniecierpliwionych i zdesperowanych.
Gideon jest w konflikcie z sobą, gdy obwinia się za śmierć tych, których kocha. Uważa, że jest "jinxem" i ma wątpliwości co do wartości swoich przyjaciół i córki.
Hiszpańska Grypa, która uderza w Manifest w 1918 roku, jest konfliktem spowodowanym przez naturę. Ludzie starają się walczyć z tą chorobą, ale Manifest traci wielu mieszkańców tej śmiertelnej chorobie.
Wielu imigrantów w Manifest czuje się ograniczone przez uprzedzenia społeczeństwa. Panna Sadie czuje ciężar uprzedzeń. Ponieważ nie chce wstydzić się i odrzucić syna jako ubogiego imigranta w Węgrzech, pozwala mu zostać wychowywana przez obcego, gdy patrzy na nią ze smutkiem. Mieszkańcy rozpowszechniali plotki o niej i zostawili ją, by żyła w izolacji.